Mustafa okula başlama çağına gelince,
geleneklere bağlı annesiyle modern düşünceli babası arasında bir çatışma olur. Zübeyde Hanım, küçük Mustafa'nın, Hafiz Mehmet Efendi'nin mahalle mektebine, Ali Rıza Efendi ise modern ögretimde bulunan Şemsi
Efendi'nin özel okuluna gitmesini
ister. Sonunda Ali Rıza Efendi, bir çıkar yol bulur:
Küçük Mustafa, ilk öğrenimine
bir süre annesinin arzusuna uyarak Hafiz Mehmet Efendi'nin mahalle mektebinde devam
etti; fakat çok geçmeden babasının isteği ile Selânik'te
çağdaş eğitim yapan Şemsi
Efendi Mektebi'ne geçti ve ilkokulu burada bitirdi. Şemsi
Efendi, yeni öğrencisinin
yeteneklerini ve zekâsini takdir ettiğinden, küçük Mustafa'nın
kendi okulunda bulunmasından
son derece memnundu. Küçük Mustafa, bu okulda okurken babasını kaybetmiştir. Bu sıralarda isimleri Makbule ve Naciye olmak üzere kendisinden küçük iki kız kardeşi
bulunuyordu. Babaları öldüğü zaman küçük Mustafa yedi, Makbule bir yaşini henüz doldurmuştu; Naciye ise kırk günlüktü. Bu en küçük kardeşleri genç kız iken Selânik'te
vefat etmiştir.
1888 yılında Ali Rıza Efendi'nin ölmesi üzerine, yedi-sekiz yaşlarında
yetim kalan küçük Mustafa'nın büyütülmesi ve yetiştirilmesi görevi, büyük Türk kadını Zübeyde
Hanım'a düştü. Bunun üzerine, Zübeyde Hanım, üç çocuğu ile bir süre Selânik yakınlarındaki
Rapla çiftliğinde subaşılık yapan kardeşi Hüseyin Efendi'nin yanına yerleşti. Çiftlik hayatı nedeniyle küçük Mustafa'nın öğrenimi ister istemez bir
süre aksamıştı. Fakat çok geçmeden Selânik'e dönerek halasının yanında, bıraktığı
yerden öğrenimine devam etti.